Vlastní expozice je umístěna v samostatném objektu na dvoře areálu. Jedná se o kompletně zrekonstruovaný trojprostorový přízemní objekt převážně ze dřeva. Výstava je rozdělena teritoriálně, časově a tématicky. V první místnosti se návštěvník seznámí s převážně prehistorickou epochou a dějinami tří katastrálních území středního toku potoka Botiče (Michle, Nusle, Vršovice), tedy nejbližšího okolí místa, kde je výstava umístěna. Druhá místnost seznamuje především se středověkou minulostí, novověkým vývojem a současností okolí hlavního sídla Státního úřadu pro jadernou bezpečnost, které se nachází na Senovážném náměstí na Novém Městě pražském. Třetí místnost prezentuje dosavadní téměř patnáct let trvající historii občanského sdružení Archaia a společnosti Archaia Praha o.p.s. Návštěvník se zde seznámí s našimi aktivitami, dlouhodobými cíli, záměry a především může nahlédnout do historie naší organizace, kterou dokládáme krásnými archeologickými nálezy. V průběhu října a listopadu roku 2008 byla dokončena také venkovní rekonstrukce a prezentace časně slovanských pecí nalezených při rozsáhlém archeologickém výzkumu v Roztokách u Prahy v roce 2006. Venkovní expozice je součástí Malého muzea archeologie.